実際に家が建っているということは、農地転用の許可と開発・建築手続きについては終わっているものと考えます。仮に、何の許可も得ずに建築している場合、当然、役場の調査が入り、しかるべき指導が入ります。
しかし、今回のケースで見ると、固定資産税の納税通知明細には、すでに宅地になっているので、役場側では宅地に変更したことは承知しているということです。
つまり、「農地転用手続・開発関係手続・建築関係手続」→「工事開始」→「工事完了」、および現況証明まで終わっているのに、法務局に地目変更の申請をしていなかったということになります。
このために、役場は宅地として認識しているのに法務局の登記簿では農地のままといった現象が現れるわけです。
4.まとめ
結局、相談者の方には、土地家屋調査士の方にお願いして、地目変更の申請をしていただくようにしました。その後、贈与を原因とする所有権移転登記ができるようになります。地目が農地のままだと、農業委員会の許可証の添付を要求されます。
違法建築かどうかの判断は、「固定資産税の納税通知明細」の地目が、農地のままか、宅地に変更されているかでできると思います。勿論、役場の農業委員会等に確認をすることは必要になってきますが。その後、現況証明(農業委員会に過去の履歴があれば、すぐに取得できます)があれば、土地家屋調査士の方にお願いをして、法務局の表題部の地目の変更登記をしていただければ、問題なく所有権移転登記はできます。
ただし、違法建築の場合については、役場の関係部署の担当者に、農地転用等の手続きからお願いできるか相談するしかありません。正常な状態にするような手続きが必要となってきます。固定資産税の通知明細の地目が農地のままで、すでに家が建っている状態でしたら、専門家に相談することをお勧めいたします。